Apache - чем не внешний сервис?
Apache - не внешний сервис, так как не взаимодействует непосредственно с прикладным приложением (конфигурацией).
Смысл данного изменения не в исправлении ошибок, а в расширении функциональности. В 1С есть несколько типов уникальных идентификаторов (УИД). Тип 1, можно условно назвать "псевдоуникальным", так как для его генерации использовались МАС-адрес и временная метка. Тип 4 - полностью уникальный, так как генерируется случайным образом.
В пределах системы это не имеет значения, все УИД будут одинаково уникальными и 1С будет нормально работать с любым из них. Проблемы могут быть при работе с внешними сервисами (сайты, веб-приложения и т.д.) с которыми непосредственно работает прикладная конфигурация, т.е. отдает им данные содержащие УИД. Если такие сервисы требовали УИД тип 4, то системы на Linux и Mac не могли взаимодействовать с ними.
К вопросу неуникальных УИД в базе это никак не относится и ошибкой не является.