По сути да, но даже та же 1С позволяет вставить в счет отсканированные печать и подпись. Понятно, что юридической силы это не имеет, но наш документооборот так устроен, что многие хотят счет с печатью и подписью, хотя они по большому счету там нафиг не нужны, при том, что важный финансовый документ Счет-фактура печати вообще не предусматривает.
Факсимиле больше нужно для тех случаев, когда надо послать бумажку внешне похожую на оригинальную (счет, коммерческое предложение и т.п.), которое потом распечатают и отнесут лицу принимающему решения. Но вот хотят, чтобы красиво...
Другое, для чего мы широко используем факсимиле, это для размещения копий документов общественной организации на официальном сайте. Сканированный документ выглядит плохо, копировать из него текст нельзя. Поэтому готовится электронный документ, в него потом вставляется сканированное и обработанное факсимиле.