Если в инфраструктуре развёрнута Active Directory, то почему бы не сделать перенаправленные профили пользователей прямо на файловый сервер, где можно организовать и глубину (количество версий файлов) бекапа для каждой папки?!
перенаправленные профили имхо это зло. По крайней мере раньше сталкивался и больше не пользовался. Утром когда все включают компы все это добро тянется с сервака. Пользователи не следят, складывают в профиль все подряд и все это тянулось на сервер. Файловый сервер может быть недоступен по какой то причине и т.п. Если честно не помню как там на счет периодической синхронизации в течении дня.
В общем, у меня пользователь четко знает что есть папка "Работа" к примеру и в ней (и только в ней) он должен хранить свои рабочие (и только рабочие) файлы. Она и будет синхронизироваться.