Если у вас домен, то все таки присмотритесь к DFS, вещь удобная, хотя есть там и свои особенности. А вообще хорошо бы было отвязать имена сервисов от имен серверов, используя для этого CNAME.
Если можно, то переименуйте старый сервер, а его старое имя сделайте как CNAME к новому, также желательно вынести на свои CNAME и остальные службы, тот же WSUS.
Потом переносите данные как вам нравится. Перед этим уменьшаете TTL у зоны до минуты-другой, чтобы не чистить кеш. Переводите CNAME на новое имя и через некоторое время увеличиваете TTL как был.
Но я бы все таки смотрел в сторону DFS, это позволит ввести еще один слой абстракции, что позволит клиентам не привязываться к серверам, а работать с логической структурой, безотносительно того, где именно физически лежат данные. Тем более, что лежать они могут в разных местах.